A Estratégia de Longo Prazo ou Plano Diretor faz parte do planejamento estratégico da Epagri. O Plano Diretor deve observar o escopo de atuação e propósito da Epagri; fazer a análise ambiental; estabelecer os objetivos e metas estratégicos de longo prazo; proceder à análise de riscos estratégicos, bem como a formulação da estratégia de longo prazo para o atingimento dos objetivos estratégicos, com indicadores, metas e plano de contingência para mitigação dos riscos identificados.